Aangezien Tomato Brown Rugose Fruit Virus tomaten- en paprikaplanten over de hele wereld infecteert, werken zaadbedrijven aan het kweken van een resistente tomaat.
Zelfs vóór de start van de genomische sequencing-projecten van tomaten waren er rijke genetische en genomische bronnen beschikbaar voor tomatenveredelaars. Op verschillende locaties zijn al lang grote collecties tomatenkiemplasma aangelegd. In genenbanken over de hele wereld zijn meer dan 75,000 tomaat-accessies bewaard gebleven. Een van de grootste is de USDA-genenbank in Genève, NY.
Sequencing van het tomatengenoom werd in 2005 gestart als een multinationale inspanning tussen 14 landen en voltooid in 2012. Deze inspanningen zijn enorm versneld door de toepassing van kunstmatige intelligentie, machine learning en geavanceerde algoritmen om grote hoeveelheden genetische en fenotypische gegevens te analyseren.
Tomaten Pan-Genoom
Onderzoekers van het Boyce Thompson Institute creëerden in 2020 een hoogwaardig referentiegenoom voor wilde tomaten om een completer en bruikbaarder tomatenpan-genoom te produceren. Ze ontdekten delen van het genoom die ten grondslag liggen aan fruitsmaak, grootte en rijping, stresstolerantie en ziekteresistentie. Mede dankzij geavanceerde sequencing-technologieën die zeer lange stukken DNA kunnen lezen, is het referentiegenoom completer en nauwkeuriger dan de bestaande database.
Oudere sequencing-technologieën die kortere stukjes DNA lezen, identificeren mutaties op het niveau van één base. Ze zijn echter niet goed in het vinden van structurele varianten zoals inserties, deleties, inversies of duplicaties van grote stukken DNA.
In 2019 construeerde een internationale groep onderzoekers een tomatenpan-genoom met behulp van genoomsequenties van 725 fylogenetisch en geografisch representatieve variëteiten. Deze database bevat 4,873 genen die niet in het oorspronkelijke referentiegenoom voorkomen. Aanwezige/afwezige variatieanalyses onthulden aanzienlijk genverlies en intense negatieve selectie van genen en promotors tijdens de domesticatie en verbetering van tomaten.
Lees het volledige artikel op www.seedworld.com.